Chapitre 4 Script pour BLAST
En traitement de données, les tableaux de données dans lequel vous cherchez certaines informations peuvent comporter des milliers de lignes et plusieurs centaines de colonnes. Considérant la taille de ces fichiers, l’utilisation d’Excel n’est généralement pas possible. C’est donc pour cela que les analystes font appel à R.
Pour trouver vos séquences commencer par télécharger le fichier sequences_inconnus.csv et l’enregistrer dans le dossier Documents. Si vous enregistrer le document dans un autre dossier il vous faudra changer de répertoire de travail avec la fonction setwd().
Vous devriez maintenant voir dans l’encadré Environnement l’objet raw_df 31 obs. of 7 variable sous le titre Data (coin supérieur droit). Basée sur ces informations vous pouvez déduire qu’il s’agit d’un tableau de données comportant 31 lignes et 7 colonnes.
Vous pouvez afficher le tableau de données en cliquant sur l’objet qui s’ouvre dans un nouvel onglet.
Pour filtrer un tableau de données nous pouvons utiliser la fonction subset(). Pour ce faire, il faut indiquer le nom de la colonne dans laquelle nous voulons appliquer le filtre et quelles valeurs rechercher. Ici nous avons deux filtres de recherche (jour du labo et numéro d’équipe) et donc nous utilisons le symbole &.
Avant d’exécuter cette ligne de code vous devez inscrire entre le guillements le jour de votre laboratoire (Mardi, Mercredi ou Jeudi, avec majuscule) et votre numéro d’équipe.
Si tout fonctionne, vous devriez maintenant voir un second objet df comportant 1 ligne et 7 colones.
Vous pouvez finalement enregistrer ce tableau correspondant uniquement à vos résultats en utilisant la fonction write.csv().
Vous pouvez ensuite ouvrir ce fichier avec Excel afin d’obtenir la séquence d’ADN de chacun de vos inconnus à utiliser pour la recherche avec BLAST.