Chapitre 5 R Markdown

Certains préfèrent rédiger leurs scripts dans des fichiers de type R Markdown plutôt que R Script pour diverses raions, notamment :

  • Ce type de fichier permet de facilement annoter son script entre les sections de codes qui sont comprises dans un bloc (“chunk” en anglais).

    • Un script bien annoter permet non seulement au scripteur de s’y retrouver facilement mais aussi de partager son code à ses collègues ou même publiquement.

    • En effet, il est de plus en plus commun de retrouver dans les articles scientifiques un lien vers les scripts générés et uilisés par les auteurs de l’article afin d’analyser leurs données.

  • Mais aussi, les blocs de codes permettent d’exécuter seulement certaines sections de code à la fois, ce qui ultimement permet de mofidier puis exécuter seulement ces sections de code sans avoir à re-exécuter l’entièreté du script.

5.1 Utliser R Markdowm

Pour créer un fichier de type R Markdown sélectionner ce type de fichier plutôt que R Script dans le menu déroulant pour créer un nouveau fichier.

Dans la nouvelle fenêtre qui s’ouvrira vous pouvez donner le titre que vous voulez à votre nouveau document puis sélectionner Ok.Par défault le nouveau document affiche une petite introduction ainsi que des exemples tel que sur l’image ci-dessous :

Ces informations ne sont pas pertinentes et vous pouvez supprimer l’ensemble du texte sous l’entête (l’entête correspond à la section délimitée par les trois tirets ---).

5.1.1 Bloc de codes

Dans R markdown, les lignes de codes à exécuter doivent être comprises dans un bloc de code. Le texte non compris dans un bloc n’est donc pas considéré comme du code, ce qui permet d’annoter minutieusement votre script entre les blocs afin de vous y retrouver facilement.

Un bloc de code R doit toujours débuter avec les caractères suivants : ```{r} et se terminer avec les caractères suivant : ```. Un bloc de code ressemble donc à ceci :

```{r}

```

Un bloc de code peut être inséré avec l’une des façons suivantes :

  • le raccourcit clavier : Ctrl + Alt + I
  • tapper manuellement les caractères délimitants (```{r} ``` )
  • l’onglet Code puis Insert chunk
  • le bouton vert avec le petit c et signe de plus en haut à droite.

Un fois votre code rédigé dans le bloc, vous pouvez exécuter l’entièreté du code contenu dans ce block en appuyant sur le bouton vert en haut à droite du code ( ▶ ).

Il est possible d’insérer des blocs de code de différents languages de programmation tels que Bash et Python, il suffit de remplacer le r entre les accolades par le nom du programme utilisé.

Plusieurs autres options peuvent être appliqués sur les blocs, pour plus d’informations je vous recommande de consulter la documentation disponible sur internet.